（1）增加有益菌的数量

施用氨基酸肥料可以增加放线菌、纤维分解菌、好气性细菌的数量，从而加快有机物的矿化速度，利于促进释放营养元素。

（2）增强化肥的使用效果

①在肥料中添加氨基酸能增强吸附、螯合、化合、微生物繁殖等化学活性以及生物活性，继而提高肥料的利用率。

②氨基酸对土壤中潜在的氮素具有多方面的影响，由于氨基酸具有刺激作用，可增加土壤微生物的流行性，加快有机氮的矿化速度，而且盐基交换量较高，因此可减少氮素的挥发、流失，并且能在一定程度上增加土壤中的速效氮的含量。

③氨基酸对于磷矿的分解具有显著作用，而对速效磷具有保护作用，使用后可减少土壤固定速效磷的情况，促进作物根部对磷元素的吸收，增加磷肥的利用和吸收率。

④氨基酸的酸性功能团可以吸收、存储钾离子，避免钾离子在淋溶性较强的土壤和沙土中随水流失，同时还能避免粘性土壤固定钾离子。氨基酸对于含钾的钾长石、硅酸盐等矿物具有溶蚀效果，可将其逐渐分解增加钾元素的释放量，从而增加速效钾在土壤中的含量。