（1）增强抗性：使用后，大量的有益微生物会在作物的根系形成有效的保护层，而且还会分泌出抗性因子，提高作物的抗逆性。氨基酸肥料中含有的微生物能在一定程度上抑制或灭杀土壤中的有害细菌，对于抗重茬具有一定效果。

（2）均衡营养：氨基酸肥料富含有益菌、氨基酸、微量元素等营养成分，其中的微量元素（比如锌、钼、铜、铁、锰、硼等）以螯合态存在，可让作物有效吸收利用。氨基酸肥料养分均衡，配方合理，能满足作物在不同时期对养分的需求。

（3）解除药害：氨基酸肥料中含有的多肽、生物酶等物质对于残留的农药具有氧化还原作用，通过脱烷基、脱氧、脱卤后可让农药转化成无毒物质。

（4）促进生长：氨基酸肥料中含有的生物活性肽可促进作物根系生长，促使幼苗快速发根，多生次生根，从而增强作物吸收水分和养分的能力，使植株健壮生长。

（5）增产保质：氨基酸肥料中富含中微量元素以及生物活性因子，使用后可增强作物的光合作用，促进生长，还能增加产量，提高品质。

（6）抑制盐碱：氨基酸肥料中的有益微生物的代谢产物（比如多肽、酶、有机酸等活性成分）会与土壤中的盐碱结合，降低盐碱度，并生成对作物有益的营养成分。