我们知道微生物肥料是利用有益菌来抑制有害菌，减少作物病害。还能起到固氮、解磷、解钾的作用，还能解析土壤中的10多种中、微量元素。再有就是有益菌能够分泌生长素、细胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促进作物的生长。

有益菌繁殖的速度很快，能很快的占用土壤中的空间和食物，没有空间和食物了，有害菌也就不能大量繁殖了，起到抑制有害菌的作用。有益菌能够产生大量多糖，与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机胶体相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤的蓄肥、保水能力。